Air Conflicts: Secret Wars ist eine Luftkampfsimulation, die sich in realen Szenarien des ersten und zweiten Weltkriegs abspielt. In insgesamt sieben Kampagnen fliegt und kämpft sich der Spieler durch 49 spannende Missionen. Für jede Mission kann er aus zahlreichen Flugzeugmodellen mit verschiedenen Stärken und Schwächen auswählen.  Innerhalb der Missionen erfüllt der Spieler die verschiedensten Aufgaben, darunter Patrouillenflüge, Schleich-Missionen, Blitzüberfälle, Bomber- und Eskortierungsflüge. Nach absolvierten Missionen kann der Spieler seine Fertigkeiten ausbauen und dadurch bspw. Flugzeuge besser kontrollieren, sie widerstandsfähiger machen oder einen besseren Co-Piloten wählen. Zwei Steuerungsmöglichkeiten stehen zur Auswahl: Im Arcade-Modus ist die Flugzeugsteuerung vereinfacht, im Simulationsmodus wird sie realistisch abgebildet.Neben dem Kampagnenmodus gibt es mehrere Multiplayer-Modi für bis zu vier Spieler, die lokal und über das Internet gespielt werden können.