Die extremen und wechselhaften klimatischen Bedingungen, die für die Lost-Planet-Reihe so charakteristisch sind, stellen sich diesmal noch harscher dar. Lost Planet 3 enthüllt neue Wahrheiten über den unheilvollen Planeten und die Kolonialgeschichte von E.D.N. III.

Lost Planet 3 hat in Jim Peyton einen neuen Protagonisten, einen Mech-Piloten, der die Erde verlässt, um einen gleichermaßen gefährlichen wie lukrativen Job auf E.D.N. III anzunehmen. Er arbeitet für Neo-Venus Construction (NEVEC), eine Firma, die den Planeten auf die Besiedelung vorbereitet. Jim trifft in der Coronis-Basis auf den Rest der Vorhut und beginnt, sich einen Überblick über das nicht kartografierte Terrain zu verschaffen und Proben der planeteneigenen Energiequelle zu nehmen – Thermalenergie.