Als Mitglied einer geheimen Vereinigung namens E.Y.E wachen Sie nach einem haarsträubenden Gefecht auf und müssen feststellen, dass all Ihre Teamkameraden bei diesem Angriff getötet wurden. E.Y.E, ein bewaffneter Zweig des Secreta Secretorum, versucht einen Staatsstreich gegen die übermächtige Föderation (einer Koalition verschiedener Welten und Planeten, die mit eiserner Faust herrscht) anzuzetteln. Um die Dinge noch komplizierter zu gestalten: E.Y.E selber ist durch innere Streitereien zwischen der Jian- und der Culter-Fraktion (der Sie angehören) gespalten. Ihre Loyalität schwankt zwischen Commander Rimanah, Ihrem Vorgesetzten und Chef der Secreta - ein Separatist mit unaufhaltsamen Ambitionen - und dem "Mentor", Ihrem Freund und Lehrmeister. Der "Mentor" versucht, koste es, was es wolle, die zwei rivalisierenden Fraktionen wieder zu einen. Dementsprechend finden Sie sich in mitten zweier Fronten in einem Fraktions-Krieg vor, in dem durch politische Verschwörungen und Machtgelüste verschiedenste Gruppen und Megakonzerne verwickelt sind. Diese Unruhen sind der Hintergrund für einen hinterlistigen Angriff einer unbekannten Macht im Begriff, die gesamte Menschheit zu beseitigen.